張琪從醫生涯中最大的貢獻，在於對腎病的研究治療。1957年，他參與籌建黑龍江省祖國醫藥研究所，並任中醫內科研究室主任。因為北方寒冷，腎病的發病率很高，收治的很多慢性腎炎患者周身浮腫，衰弱無力，病情反復發作，最後腎功能衰竭，因尿毒癥而死。腎病病因錯綜復雜，而當時對腎病沒有好的治療辦法。出於悲憫之心，本打算研究冠心病的張琪迎難而上，將腎病的治療與研究作為主攻方向，決心攻克這個難關。這一研究就是50多個春秋。

　　通過臨床中的實踐積累，張琪古方新用，摸索出治療慢性腎炎的良方『加味清心蓮子飲』，並與研究室同事一起對病例進行科學分析。經過不斷的修正，治療的目標由解決浮腫、解決蛋白尿，發展到改善『腎穿』的病理結果，並更加科學系統地運用現代醫學技術分析每一種腎髒疾病的病因病機。

　　被保存下來的張琪多年的筆記。東北網記者 杜筱 攝

　　『大方復治法』是張琪治療慢性腎小球腎炎、慢性腎功能衰竭的另一法寶，藥味多達20多味，取得了很好的療效。他說，『必須認識到現在有些疾病的病因病機已不那麼簡單。比如尿毒癥病機錯綜復雜，有虛有實，脾腎不足兼有濕熱、痰濁、瘀血，不能單純補或瀉，要從多方著手，處方兼顧，這其實也是學術的發展。』

　　1986年，國家科委和衛生部確定『七五』攻關計劃，張琪關於『中醫治療勞淋』的課題中標。之後他組建腎病研究室和專科門診，先後開展了關於慢性腎小球腎炎、慢性泌尿系感染、血尿、慢性腎功能衰竭等疾病的臨床及基礎研究，他所在的黑龍江省中醫科學院成為全國中醫腎病治療中心之一，多項課題獲得國家及省部級獎項，大大提高了全國腎病學術和診療技術水平。

　　張琪所開處方。東北網記者 杜筱 攝

　　張琪的筆記。東北網記者 杜筱 攝

　　如今，黑龍江省中醫藥科學院腎病科現已全面繼承張琪的臨床經驗，已發展成為9個病區、400張床位的全國最大的中醫腎病重點專科，並在長江以北開創了首家小兒腎病科。腎病科年住院病人8000餘人次、年門診量12萬人次。他們運用中醫中藥為腎炎、腎病綜合征、腎衰等腎病患者減輕身體痛苦，降低經濟負擔，帶去健康的希望。

　　張琪以診治腎病聞名，但實際上他對內科雜病造詣頗深，專攻疑難重癥是其臨證一大特點。他常在古方基礎上加減化裁，創制出許多行之有效的新方劑，如治療淋巴腺結核、甲狀腺囊腫的『癭瘤內消飲』，治療靜脈炎的『活血解毒飲』，治療慢性腎病日久、尿蛋白不消失的『利濕解毒飲』等。在胸痺、痺病、肝病、血液病乃至精神疾病方面都有豐富的臨床經驗，被他治愈和挽救的重癥患者不計其數。