黑龍江省第二醫院南崗院區是隸屬於黑龍江省第二醫院的三級綜合醫療機構，位於南崗區燎原街50號，醫療用房建築面積11000平方米，開放床位245張，在崗職工300人。擁有呼吸內科、循環內科、神經內科、消化內科、普通外科、骨科、眼科、口腔科、中醫科、婦科、體檢中心等20多個臨床醫療醫技科室，配備有意大利百勝MYLab60、荷蘭飛利浦HD11彩色超聲診斷儀、飛利浦CS30便攜式超聲診斷儀、美國VIASYS NeuroCare有限公司Sonara/tek彩色經顱多普勒超聲診斷儀、美國GE公司1.5T磁共振、日本東芝公司的DR、德國西門子公司的16層螺旋CT及日本津島公司的數字化胃腸透視機、日本希森美康XS-500i全自動血液分析儀等大、中型醫療設備。

　　2014年南崗院區著力打造了特色消化治療中心、重新規劃建立了外科樓、擴大了外科的規模和容納能力。在專科醫院的基礎上強化了綜合醫療的發展力量。省二院南崗院區在醫院整體發展戰略的指引下，積極吸納人纔，增強技術力量、提高服務水平，用精湛醫術、高尚醫德、合理價格、溫馨環境為患者提供全方位、多層次的醫療服務。目前南崗院區已形成了綜合治療新格局，特別是經整合後的消化治療中心，擁有一支技術力量雄厚的內、外科專家隊伍。